明太祖登基以后，屡兴大狱，整批地杀害功臣;朱明开国的兵将和谋士，冤死者数万，淘汰尽净。燕王即位，是以武力篡夺，成功后，也大杀建文朝的文臣武将。他们父子二人，忌刻嗜杀，都是为了防堵有力者威胁皇权。制度方面，太祖在大杀功臣后，废除丞相，自己直接主持中央政务。明代文官体系，只是皇权的统治工具，没有可以抗衡君权的力量。
明代特务机构
皇权依仗特务组织和内廷宦官，作为爪牙，其势力之大，不是中国历来皇朝可以相比。宦官专政，在汉、唐都曾有过，但是却并不常见宦官监督文官。明代的宦官，在文武单位，不仅监督在职的首长，而且可以否决有关官员依法执行的权力。在国家专利的生产单位，例如矿、林、烧瓷、织锦和外贸单位，都由宦官直接管理，文武官员无置喙之余地。有明一代，宦官假借皇权，以司礼监的名义，代表皇帝批核奏章，文官系统无法反抗。
从太祖时代，就有内廷特设的刺探单位，侦查文武百僚的言论和行为。所谓“锦衣卫”，其权力之大，汉唐皇权从未有过。除了“锦衣卫”以外，后来又添设东厂、西厂，也都是代替皇帝监督臣僚和百姓，到后来则代表了皇权。这些特务单位，独立处理刑案的权力不受执法单位(刑部、大理寺、都察院)三法司的约束。如果皇帝自己因为身体和年龄，不能亲自执政时，这种特务单位就由宦官指挥，更加提高了宦官的权力和气焰。
明太祖憎恨百官贪渎，如有贪污者，处以死刑，剥皮之后，充以稻草，作成人形，放置在全国官座旁边，以儆未来。这种酷刑，使百官群僚，惴惴不安，上朝之时，就与家人告别。皇权的行使，更有所谓“廷杖”的暴力。群臣奏对，不合皇帝的意思，就可能当场受刑，甚至于立刻扑杀。在中国历史上，汉代的中央文官其高阶者，可以和皇帝坐下谈话;唐代的朝廷，也有文官的座位;即使宋代，宰辅必须站着奏对，君臣之间，有一定的互相礼敬。明代这种皇权不测之威，在中国历史上，前无古人，后无来者。廷杖的立威，再加上特务组织和宦官，依附在皇权上作威作福。明代的政府体系，面对皇权，完全不能有相对的彼此制衡。
科举独尊朱子学
中国的皇帝制度，其文官系统是一个重要的部分。自从汉代有了察举制度以后，文官的来源大部分是从儒生中选拔，而经过科举选拔的过程，也还能相当公平地挑选人才。明太祖建立政权，立刻恢复文官制度，从民间读书人中，挑选了一些有用的人才，担任中央和地方政府的职务。政权稳定后，又恢复科举，从科举中选拔儒生。明代科举的问题在于，完全以测验儒家经典的知识作为考试的依据。儒家的学说中又独尊朱子学。儒家本身有抗议政权的独立传统，明太祖认为，这不符合绝对皇权的需求，所以明代的考试，删除儒家学说中一切与政权抗衡的部分，例如《孟子》的一些章节，都被删除。这种考试方法让儒生长期接受洗脑教育，儒家思想沦落为对君主绝对忠诚的教条。
一旦考试得中，寒微的书生，就可以脱却青衫换紫袍。而且他们的私人田产，就得了豁免租税的优遇。如前节所说，朝廷对于文官的威权是绝对的，堂堂大吏，可以立刻撤除官职，甚至于当庭廷杖。君主握有生杀予夺大权，明代的官僚在皇权不测之威下固然惴惴不安，却又有当官的福利：一旦中举，任官受俸，以至退休，仍是缙绅，终身享有免税特权。整个文官系统，无论在职或退休，荣华富贵，泽及子孙。一般小户农民，也就利用这漏洞，愿意将财产投靠缙绅，因此，土地集中的现象非常严重。而且在社会上，平白多出一层类似贵族的特权阶级。
特权人群
明代太子封王，除了南、北直隶外，整个明代，全国有五六十个藩国，到明代终了时，宗室的总人口数不下四五十万人口。王府的土地，动辄千、万亩计，这些土地也是免税的。王府的佃户，也不用担任差役。宦官们没有后裔，可是大多数的宦官也依仗势力，据有田产。宦官们贪图近便，其田产大致都在首都附近。这三个特权人群，占有的土地，竟有全国可耕地的相当不小的比例。以上三群人，据有的田地，大致都在肥沃和富有的地区，而相对的，在比较偏僻和贫穷地区的一般平民，却是要负担全国财政税收的主要部分。前面曾经说过，明代初期，数度迁移人口，将人口密度高的人户，迁往人口密度较低之处。开国三代以后，南方人口的增加，已呈现一面倒现象。
一国之内，既有贫富之间的纵向分裂，又有南北发展悬殊的横向差距，国家裂解两半，不能说是正常情况。
相对言之，蒙元是征服者，以武力压制中国人，乃是弱肉强食难免的现象。朱明以驱逐胡人为口号，应以同胞对待中国百姓。可是，太祖杀伐立威，又将专制极权建立制度;有明一代始终未曾改革。更可悲者，满清入主中原，沿袭明代制度，再加上征服王朝的武力镇压;于是中国人生活在专制集权的统治下，有六七个世纪之久。这一长时期的压迫，斫丧中国人的自由，扭曲中国人的人权，对中国民族性造成的伤害至深至巨。
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