受“科学”即是分科治学以及社会科学泛化的误导影响，近人治史，好用归纳或附会式比较，所论看似有理，其实相当危险。因为：
其一，历史事件均为单体，绝无可能重复发生两件完全相同的史事，有的看似相近甚至相同，其实千差万别，所谓形似而实不同，除非削足适履，无法归纳。受欧洲基督教神学一元化观念及进化论主导的社会发展史和社会科学求同取向的影响，以为讲究规律是排列近似性，实为一大误解。
其二，所有个别事件相互之间存在着无限延伸的直接或间接联系，历史的规律，即体现于史事的无限联系之中。而历史记录多为片断，拼合联缀，讲究由时间空间规定的相关性。史料越多，可以重现的相关联系的可能性越是复杂。不仅正确的指向可以征实，错误的联结有时也居然可证。
其三，史事已经发生，不可改变，但发生过的史事须由当事者的相关记述来探求，或者分别称之为第一历史和第二历史。照此推衍，依据相关记载追求史事本相所得著述，实为第三历史。无论怎样详尽的记述，也不可能完整地覆盖全部史事的全过程和各层面，而且当事者利害各异，立场有别，所记的罗生门现象相当普遍。由此衍生出层累叠加的史书，实事往往无直接证据，可以征实的部分又相对简单．其余则只能近真。而近真使得一事多解的情形常常发生，好疑者误以为尽是有意作伪，善读者则从伪书中可见真材料。
有鉴于上述，治史不宜归纳，只能贯通。相应的史学着重见异，有别于社会科学的主要求同。不过见异并非仅仅关注具体，反而更加注重整体，要在整体之下研究具体，探寻个别的普遍联系。因此，治史最要也是最基本的方法为长编考异，即按时空顺序比较不同的材料，以求史事的生成衍化及其内在联系。此法随着研究对象的不同而有所变化，但万变不离其宗，基本的做法一脉相承。在此之上，可以千变万化，在此之下，主要还是如何入门的问题。
治史不宜归纳，本来不过是常识通则，而今似乎成了高难问题。1935年傅斯年所写《闲谈历史教科书》对此就有详尽论说：
算学与物理科学是可以拿大原则概括无限的引申事实的。这个凭藉，在地质、生物各种科学已难，在历史几不适用……物质科学只和百来种元素办交涉，社会科学乃须和无限数的元素办交涉，算学家解决不了三体问题，难道治史学者能解决三十体？若史学家不安于此一个庞氏所谓“天命”，而以简单公式概括古今史实，那么是史论不是史学，是一家言不是客观知识了。在一人著书时，作史论，成一家言，本无不可，然而写起历史教科书来，若这样办，却是大罪过，因为这是以“我”替代史实了。物质科学中，设立一个命题，可以概括无限度的引申命题……大约有三个领导的原则。第一项，列定概括命题，以包涵甚多引申的命题与无限的事实。第二项，举切近于读者的例，以喻命题之意义。第三项，在应用上着想。这些情形，一想到历史教科书上，几乎全不适用。第一项固不必说，历史学中没有这东西。第二项也不相干，历史上件件事都是单体的，本无所谓则与例。第三项，历史知识之应用，也是和物质知识之应用全然不同的。
没有九等人品微分方程式和百行元素表，人物、行动只得一个个、一件件叙说。没有两件相同的史事，因果是谈不定的。
因果二词，既非近代物理学所用，亦不适用于任何客观事实之解释，其由来本自神学思想出。现在用此一名词，只当作一个“方便名词”，叙说先后关系而已，并无深意。
1942年10月11日，傅斯年复函好用社会学方法研究中国历史的吴景超，有的放矢地强调：
历史上事，无全同者，为了解之，须从其演化看去，史学之作用正在此。如以横切面看之，何贵乎有史学？
史学是天然的比较研究，一般平行比较研究者，每每喜欢求同，落入穿凿附会的俗套。而史学的比较研究，因缘事实联系，更加着重于见异。这并非排斥规律，历史事实均为特殊、个别，不等于没有联系，只是不能用自然科学或社会科学的原理来强求史料与史实的类似并由相似性加以连贯。历史规律，恰在于个别事实依照时空顺序彼此联系的无限延伸之中。
近代学人当中，梁启超最好讲归纳法。自清季以来，因缘崇尚科学与西方的时势，阴差阳错地将日本明治思想家翻译逻辑方法之一的归纳法误认为是科学方法，不仅一直将归纳法当成近代西洋科学方法的核心，而且判定清代考据学所长亦在于善用归纳法，所以清学也具有某种程度的科学性。至于另一主要逻辑方法演绎法，虽然间有学人在论述科学方法时提及，实际上鲜有看成科学方法的实例。不仅如此，出国留学前的傅斯年还将清代与宋明的学问视为针锋相对，其中一项便是宋明的学问是演绎的，清代的学问是归纳的，“就这方法上而论，彼此竟是截然不同，所以彼此的主义，竟是完全的相左。仔细看来，清代的学问，很有点科学的意味，用的都是科学的方法”。傅并且将朴学对宋学开衅，等同欧洲科学家对中世纪造反，实际上将演绎法排斥于科学方法之外。
可是梁启超到了1923年写《研究文化史的几个重要问题》时，态度变化。他自我反省，首先即讨论“史学应用归纳研究法的最大效率如何”，虽然仍将归纳法视为科学方法的代表，但是对于是否适用于史学，却已经有了不同的看法。他说：
现代所谓科学，人人都知道是从归纳研究法产生出来。我们要建设新史学，自然也离不了走这条路。所以我旧著《中国历史研究法》极力提倡这一点。最近所讲演历史统计学等篇，也是这一路精神。但我们须知道，这种研究法的效率是有限制的。简单说，整理史料要用归纳法，自然毫无疑义。若说用归纳法就能知道“历史其物”，这却太不成问题了。归纳法最大的工作是求“共相”，把许多事物相异的属性剔去，相同的属性抽出，各归各类，以规定该事物之内容及行历何如。这种方法应用到史学，却是绝对不可能。为什么呢？因为历史现象只是“一趟过”，自古及今，从没有同铸一型的史迹。这又为什么呢？因为史迹是人类自由意志的反影。而各人自由意志之内容，绝对不会从同。所以史家的工作，和自然科学家正相反，专务求“不共相”。倘若把许多史迹相异的属性剔去，专抽出那相同的属性，结果便将史的精魂剥夺净尽了。因此我想归纳研究法之在史学界，其效率只到整理史料而止，不能更进一步。然则把许多“不共相”堆叠起来，怎么能成为一种有组织的学问。我们常说历史是整个的，又作何解呢。你根问到这一点吗。依我看，什有九要从直觉得来，不是什么归纳演绎的问题。这是历史哲学里头的最大关键，我现在还没有研究成熟，等将来再发表意见罢。
由此可见，这时的梁启超，已经根本怀疑历史的“不共相”可以因果律来求。
梁启超的转变，缘于他读了新康德主义弗赖堡学派的主要代表李凯尔特(Heinrich Rickert)的著作，受自由意志论的影响。从来好以今日之我与昨日之我战的梁启超，这一次的转变也未必周知详情且深思熟虑。史学不宜用归纳法求同，并非自由意志论者的独见，而整理史料同样不宜归纳，历史的整体性更不应由直觉得来。梁启超想不清楚的问题，循着历史哲学之道，大概永远不可能研究成熟，更寻觅不到适当的答案。反倒是后来傅斯年由比较不同史料而近真并得其头绪的认识，将求真与寻求史事普遍的内在联系有机结合，远胜于梁启超的看法。杨联阩认为钱锺书所著《管锥编》若在见异处再多着笔，可能更富于启发，即基于人事不会完全重合的史家之见。
傅斯年、梁启超的说法在倡导史学社会科学化的学人看来或许难以接受。清季以来，由于存在以社会科学为科学的误解，不仅许多史家曾经受过社会科学的影响，整个史学研究也有社会科学化与日俱增之势。戊戌时因《时务报》等事一度与梁启超反目成仇的章太炎，1902年因为读各种社会学书而欲重修《中国通志》，即不惜捐弃前嫌，引抱有相同志趣的梁启超为同道。其所订计划，除以纪传鼓舞民气、启导方来之外，就是以典志“发明社会政治进化衰微之原理”，将“心理、社会、宗教诸学，一切可以熔铸人之”。而清季担任京师大学堂史学教习的陈黻宸认为：“无史学则一切科学不能成，无一切科学则史学亦不能立。故无辨析科学之识解者，不足与言史学，无振厉科学之能力者，尤不足与兴史学。"而“古中国学者之知此罕矣”。“故读史而兼及法律学、教育学、心理学、伦理学、物理学、舆地学、兵政学、财政学、术数学、农工商学者，史家之分法也；读史而首重政治学、社会学者，史家之总法也。是固不可与不解科学者道矣。盖史一科学也，而史学者又合一切科学而自为一科者也。”后来唐德刚还指胡适其实不懂科学就是社会科学，所以方法只是符合科学而并非科学，整理国故因而不能得法。
不过，虽然历史上一切人事均为单体，却并非所有的单体均有足够的记述呈现其单体性及其相互关系，如果一概强求个别人事的比较联系，一般社会成员势必成为无声的群体，难以在史学领域得到应有的呈现。尤其是随着对于传统史学的批判和关注层面的下移，社会科学之于史学的作用与日俱增。限于材料，群体的历史以类像方式进行处理，有其不得不然的苦衷或道理。只是但凡归类，都会伴随着一定程度的求同不存异，所以异的存在不断挑战类的合理性。新文化史和新社会史一方面延续由精英而大众的取向，一方面则由群体而个别，以小人物的视角故事颠覆精英和群体的历史叙述。只不过必须显示所选人物与群体乃至社会整体的关系，才能呈现个案的意义，而要做到这一层，却并非轻而易举之事。
将近代中国史学这样的变化轨迹解释为学术发展的与时俱进，似嫌简单，因为这一时期的学人往往呈现年轻时好趋新，读书愈多则反而守成的现象。其实归纳之所以被认定为科学方法的核心，除了误读错解西学之外，大背景正是因为用西洋系统条理本国材料被看作理所应当的进步。对此陈寅恪曾经批评新派留学生的所谓“以科学方法整理国故”，认为此举“看上去似很有条理，然甚危险”，并借着评审冯友兰《中国哲学史》的机缘，批评中国盛极一时的整理国故“流于穿凿傅会之恶习”，“其言论愈有条理统系，则去古人学说之真相愈远”。“任何古书古字，绝无依据，亦可随其一时偶然兴会，而为之改移，几若善博者能呼庐成庐，喝雉成雉之比。此近日中国号称整理国故之普通状况，诚可为长叹息者也。”在他看来，理想的整理历史资料，应是“具有统系与不涉傅会”同时兼备，而要达到这样的境界，谈何容易。
治史一味地窄而深，不仅不能揭示和把握历史整体的渊源大势及内在联系，甚至无法恰当研究具体的历史。治史首先应回到历史现场，以汉还汉，由求其古而致求其是。否则，脱离原有的时空位置，以后来间架先人为主，所论不管看似多么头头是道，无非是对历史想当然的看法，还谈不上认识，亦不是事实，至于古人的本意，更加无从谈起。而研究单位再小，也是解释一字即作一部中国文化史，非贯通不能奏功。所以，任何具体人事，都要置于历史错综复杂的整体联系脉络之中，才有可能认识得当。也就是说，要在体的观照下，安放点、条理线和展示面，以求得其所哉。只有成竹在胸，才能庖丁解牛，以免盲人摸象。
要达到通的境界，还须在博通与专精之间平衡协调，大而全也许只是庞杂的变形。教科书与通史，形式上似乎通括，未必真能提纲挈领，条贯所有史事。若以主观裁剪史实，即使面面俱到，不仅流于宽泛表浅，而且极易陷入愈有条理，去事实真相愈远的尴尬。
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