搜集和利用多国多边多层的档案和史料，是民间研究最为突出的进展之一。作为研究对象，中共历史的特殊性不言而喻，因此史料虽然丰富，上世纪80年代以来也有不少披露，但查阅档案的限制仍然很多，文献公布也十分有限。与官方研究相比，民间研究在查阅和利用档案方面更显困难。从还原历史的角度说，任何单一种类和单一方面的史料都有局限性，需要多种史料的互证和互补。上述两个方面的原因，促使民间研究者不仅在搜集史料方面格外用力，而且另辟蹊径，寻找更多的资源。90年代，民间学者沈志华利用俄罗斯档案解密的有利条件，从俄档中搜罗、复制有关中共的文献，即是一例。这些文献包括中苏双方大量的来往电文、会谈记录、双方协定，等等，涉及战后中苏两国以及社会主义阵营国家之间和中国国内的一系列重大事件，如中苏结盟、朝鲜战争、“一五”计划、对华援助、苏共二十大、波匈事件、核武器研制和开发、整风反右、“大跃进”、台海危机、中苏边界谈判，等等。仅以朝鲜战争为例，沈氏即编辑出版了厚厚三卷本、洋洋数百万字言的《朝鲜战争：俄国档案馆的解密文件》，对朝鲜战争的由来、中国出兵朝鲜的决策以及战争的进程和结局作了大量新的披露。这部完全凭藉民间力量编纂的大型文献，在学界产生了极大反响。
除了多国多边档案，民间研究还特别注意多层档案和史料的搜集与利用。地方档案和散落民间的底层史料乃至公民个人的资料，近些年来一直是民间研究搜集的重点。不少研究者透过旧货市场和个人收藏，发掘和“抢救”散落社会的史料，整理、编辑并出版了一些史料集，如李应宗的《新生备忘录》、李辉的《一纸苍凉》、杨伟名的《一叶知秋》。一些高校的教学和研究机构还将搜集地方县域档案和民间史料作为工作的重点之一，开始出版民间史料的系列文献集，为研究高层政策在地方和底层的实施以及地方、底层同高层的互动提供了历史文本。
史料搜集和利用的进展，透露出的是研究理念的更新。以往的官方研究聚焦于高层，一部中共历史往往只是一部高层决策史，即便对中层和底层有所涉及，亦如蜻蜓点水、掠影浮光，不过是论证高层决策的陪衬和点缀。民间研究的目光则是下沉的，它固然关注高层，同时也关注甚至更为关注地方和底层。在民间研究中，高层决策在地方和底层实施的过程、高层和地方以及底层之间的互动和博弈、高层决策产生的社会变化，等等，都是梳理和分析的重心。这就突破了以往的治史套路，将原本被边缘化的地方和底层的历史纳入了视野，并置于重要位置。这些年，关于根据地分田、土改、扩红以及婚姻、习俗、风尚等社会改造，关于1949年后各级地方和底层新政权的建立、土地改革、征粮反霸、“镇反”、“三反”“五反”、合作化、统购统销、公共食堂、粮食危机、“四清”以及城乡社会改造、教育改革、新闻和戏剧改革、合作医疗等问题的大量民间研究，再现了高层政策在地方和底层实施过程中的复杂情形。民间研究发现，高层政策在地方和底层的实施不是一个简单的线性过程，而往往会发生了变形、缩放、遮蔽或延展。如果说聚焦高层勾勒出来的是单色图景的话，那么，民间研究所描述的图景则远比前者要斑驳，而斑驳才恰恰是历史的本色。
理念的更新带来了方法的变化。很长时期里，中共历史的研究形成了一种模式，这个模式以既定的结论为中心构成了一套纵向叙事框架。在这个框架里，历史事件的因果关系、历史人物的褒贬臧否、历史问题的是非曲直都有统一的结论，研究者所做的不过是按照既定结论选择史料，再反过来诠释既定的结论。从这样的历史著述中，人们常见的是抽象和宏大的判断，却很难看到繁复和具象的历史事实及细节。民间研究则以事实和经验为基础，采用实证研究、微观研究和个案研究的方法，强调只有经过实证研究、微观研究和个案研究来厘清史实，然后才可能建构相对可靠的历史知识体系。它固然也有解读历史的逻辑，但一来解读的逻辑是多元的，研究者之间没有也不强求一致;二来奉行中性叙述，不以作政治结论为目的去刻意作价值判断。有意思的是，一旦呈现历史的细节，人们熟悉的那些宏大结论多半难经推敲，而显得脆弱和无据。采用实证研究的方法，民间研究修正了许多长期流传的讹误，填补了过去被忽视甚至无视的空白。关于陈独秀的研究是一个典型例子。在中共历史上，陈氏的形象一直是负面的。80年代，他在新文化运动、五四运动和创建中共方面长期被遮蔽或扭曲的史实逐渐得以恢复。90年代以来，民间研究进一步梳理了他作为中共最早的主要领导人的史实，特别是厘清了“第一次大革命”时期陈氏同共产国际及其代表和苏联顾问之间的复杂关系，颠覆了长期扣在他头上的所谓“右倾机会主义”、“右倾投降主义”帽子的结论。类似的例子，在民间研究著述中不胜枚举，如产生了广泛反响的朱正著《一九五七年的夏季》、杨奎松著《毛泽东与莫斯科的恩恩怨怨》、沈志华著《毛泽东、斯大林与朝鲜战争》、唐少杰著《一叶知秋》、曹树基著《1959—1961年的中国人口》。
从反响看，民间研究愈来愈为学界和社会注意。一个值得指出的现象是，这些年来，攻读中共历史专业和与之相近的中国近现代史专业的博士、硕士研究生，越来越多选取地方、底层和个案为课题，利用多国多边多层档案，并辅之以相关口述，采用实证方法进行研究，过去那种“宏大叙事”的选题已经逐渐淡出他们的视野;其中比较优秀的论文佼佼者，研究的水准和质量已经超过了中生代的专业研究者，令人欣慰。这个现象或许能够预示民间研究可观的前景。有理由相信，在这个最为官方化的学术领域，民间研究至少已经改变了单一类型的研究格局，其发展势头仍将持续下去，前景不可限量。
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