关税独立、币制改革成功、建设委员会和资源委员会等工作卓有成效、中央军德械师扩张等等，令民国一时间拥有了现代化的新气象。可惜，此一现代化努力行之未远，便为日军侵华战争所打断。离开了代表中国先进生产力的沿海地区，南京国民政府渐渐走上了一条毁灭之路。
淞沪会战一役虽然打破了日本六个月解决“支那问题”的迷梦，但也令蒋介石苦心经营多年的中央军精锐付之一炬。随后南京国民政府在武汉会战后撤往内地，失去了关税和沿海地区的工商税等主要税基，中央财政于是日渐枯竭，埋下了以增加货币发行量和“苛捐杂税”应对财政赤字的伏笔。
以田赋为例，自1928年以来，作为蒋介石和地方实力派之间的一种妥协，田赋及有关的附加税一直由省和地方政府征管。到了1940年底1941年初，中央政府重新“发现”了田赋的重要性。自从撤退到内地后，其税入已经降到只有战前水平的37%，而它的开支却上升了33%。由于抗战军需日益繁重，中央政府于1941年7月决定把田赋国有化，并以实物征收。以实物征收是因为政府为军队大量购买粮食使国家预算更为紧张，并推动粮价直线上升，这导致市场出现囤积居奇行为，反过来又加剧了购买粮食的困难，并使平民也遭受粮价上涨之苦。
以实物征税虽然减少了现金支出，但在具体运作过程中代价非常高昂，除了征缴、储存、运输、分发等环节的成本和跑冒滴漏造成的损失外，还极大地扰乱了农村的经济生活秩序。政府希望以稻米为主要的抵税粮食，但只有云南、广东、广西、湖南、江西和浙江这6个省份能做到这一点，有11个省份要征收四种粮食才能凑齐田赋，而“倒霉的”甘肃则要以包括大豆、玉米和小米在内的9种不同的庄稼来交纳田赋。而那些此前从事商品作物专业化生产的地区则不得不从价格奇高的市场上购买粮食，用于完税之后留给自己的往往不足果腹之用。
随着田赋征收困难的加大，政府开始诉诸于强制征购，但价格并不是足额支付，其中只有30%以现金支付，其余则以国库米粮券、国币储蓄券和美国金元储蓄券等“未来兑现”的票据进行支付，农民的愤懑之情可想而知。等到了1943年，接近走投无路的国民政府干脆采取“征借”的方式来强征粮食。这些票据和白条从来没有得到国民政府承兑，而被中央政府“剥夺”了田赋的地方政府则加大了进行各种自行规定的摊派的力度，其所依托者则为臭名昭著的乡村保甲体系，从而加深了国民党政权的反动性质。而与此同时，轻车简从的中共政权在其根据地则展开了大规模的减租减息运动，两相比较之下，广大农村地区的人心向背早在抗战胜利前便成定局。
更为致命的是，内迁的中央政府发现自己越来越被迫与此前“鞭长莫及”的内地军阀发生直接的冲突。而此前蒋介石的策略基本是与他们井水不犯河水，除非他们公开作乱挑战中央的权威。蒋介石的算盘是先通过政治收买，维系中国表面上的统一，等到以沿海和长江下游诸省份为权力之基的中央政府实力日益壮大之后，再行实质“收服”。
中日战争的突然爆发打乱了蒋介石的政治议程，蒋介石所代表的中央政府不得不直接面对各怀鬼胎的地方实力派，他们与中央政府离心离德，而维系战时中央政府的日常运转又离不开他们的支持，中央政府很快陷入了焦头烂额的境地。由地方实力派军人控制下的政府机构，当然会把它们主子的利益放在中央政府之上，比如收到税金首先放进地方军人的银库，剩余之数才被送往重庆的“国库”。同样，最好的壮丁一定先留下来补充地方部队，剩下的才会送交中央。因此，中央政府规定的征兵征税征粮等任务从来无法如期完成。
中央与地方的矛盾日益加深。中央政府与云南省政府之间的一系列摩擦、冲突乃至最后兵戎相见，便充分表明了这一点。抗战前龙云治下的云南属于典型的“山高皇帝远”，不仅军政自成一体，经济上也抵制外来势力的影响，长期拒绝使用法币即为具体表现之一。然而，抗战的爆发，迅速将云南“卷入”到战时政治经济运行轨道中来，新秩序的构建不可避免，云南事实上的“自治”很快便被打破。
云南远离前线，蕴藏着丰富的自然资源。负责发展国防工业和重工业的国家资源委员会特别“青睐”云南，早在战前，便开始在云南修筑公路和兴建企业。战争爆发后，资源委员会又把一批新的工厂搬迁安置到昆明城乡内外。中国银行在昆明开办了棉纺织厂，军令部也设立了一家光学仪器厂。到1939年8月，共有49家企业从华东迁到了云南。此外，还有大量的科教文卫机关迁入。
伴随着经济生态的变化，法币的统治地位很快建立起来。1938年，中央银行昆明分行开始发行法币，新富滇银行紧急公布云南钞票和法币兑换率，向以此堵住法币的灌入。然而，这注定是一场徒劳的努力。在云南，中央政府雇佣的工作人员数目大幅上升，他们和国家资源委员会下属企业工人的薪金都以法币支付。大批逃难者和过路客也都腰缠法币。此外，云南拥有通往河内和缅甸的公路与河道，这使其一跃而成为全国对外贸易的主要集散地。云南经济总量的急剧扩大，客观上也使新富滇银行无法应对日益增加的银行贷款以及外币兑换的需求。
在1939年中，云南钞票还能在打折后用来结账，到1942年法币就支配一切了。下一个战线出现在外贸领域，随着上海、广州等沿海重镇相继沦陷，国民政府统治区的对外贸易和来自外部的援助，只能通过云南这条通道。此外，掌握了云南的外贸，还能给财源日益局促的中央提供关税，而此前对出入境征收的过路税正是云南数目最大的单项财政收入。
1939年7月，重庆宣布将掌管所有的对外贸易项目，而云南政府则反向规定任何云南产品，如没有领到新富滇银行贸易许可证，一律禁止出口。双方冲突一触即发，几乎到了兵戎相见的地步。后来，双方达成了妥协，以后云南省全部出口贸易都由国家对外贸易委员会昆明办事处掌握，不过办事处组成人员由央地双方代表联合组成，而且中央每年付给云南省政府相应的补贴来“弥补”其外贸“损失”。
经济大权的逐步旁落，自然一步步威胁到龙云对云南的政治控制，不甘心如此的龙云为提升自身政治合法性，选择对蒋介石的政治反对派“网开一面”，以民主捍卫者自居。作为反制手段，蒋介石派出“中统”和“军统”加强对昆明的渗透，以加大特务政治的力度来打压民主风潮。类似的戏码在中央与其他地方实力派的博弈中也屡屡上演。
到抗战后期，中央政府几乎陷入了四面楚歌的局面。猝然而来的抗战胜利令南京国民政府喘了一口气，但矛盾和裂痕并没有被修复，反而因外敌的骤然消失而更行放大。很快，中央政府就因为“搞砸”了接收而再度成为众矢之的。
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